Sjötrafikavdelningen svarar för, att de uppdrag som givits, dimensioneras och utförs effektivt avseende lotsning, sjötrafikinformation, flyg- och sjöräddning samt utveckling och underhåll av produktionsmedel. Avdelningen ansvarar för Sjöfartsverkets lotsbåtsverksamhet och har därigenom det övergripande ansvaret för lotsbåtarnas säkerhet, utrustning samt gemensamma standard. I ansvaret ligger samordning av investeringsfrågor för lotsbåtarna.   
 

Regional verksamhet Sjötrafikavdelningens regionala verksamhet är uppdelad på sex sjötrafikområden, med kontor i Luleå, Gävle, Stockholm, Malmö, Göteborg och Trollhättan. Regional verksamhet bedrivs också vid tre VTS-centraler; VTS East Coast (Södertälje), VTS South Coast (Malmö) samt VTS West Coast (Göteborg). Till Sjötrafikavdelningen hör Flyg- och sjöräddningscentralen i Göteborg.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Ledningssystemet vid Sjöfartsverket, avdelningarna Farled och Sjötrafik, Sverige har godkänts av Lloyd's Register Quality Assurance i enlighet med följande standard för kvalitetsledningssystemet: ISO 9001:2000 (certifikat nr. SW970365).

Kvalitetsledningssystemet är tillämpbart på: tillhandahållande av lotsservice, sjötrafikinformation, farleder, sjökartläggning, nautisk säkerhetsinformation, isbrytning och sjöräddning inom svenskt ansvarsområde.