Sjöfartsverket har i likhet med övriga trafikverk ett så kallat sektorsansvar, vilket innebär en roll som går utöver kärnverksamheten. Sjöfartsverket karaktäriserar sin sektorsroll med nyckelorden överblick, omvärldsbevakning, samverkan och påverkan.

I sektorrollen ligger att nationellt och internationellt arbeta för att transport- och sjöfartspolitiken utvecklas i linje med riksdagens och regeringens beslut. Detta innebär bland annat att Sjöfartsverket följer upp sjöfartssektorns utveckling i förhållande till de transportpolitiska målen, ger stöd och råd inom verkets kompetensområde, verkar för att minska sjöfartens miljöpåverkan, beaktar beredskapsaspekter, genomför och deltar i utredningar, informerar om sjöfartens villkor och möjligheter samt initierar sjöfartsforskning för att bidra till att sjöfarten utvecklas i linje med de transportpolitiska målen.