Treårsplanen utgör det centrala dokumentet för statsmakternas styrning av Sjöfartsverket. I treårsplanen föreslår verket inriktning av verksamheten och konkretiserar målen för de olika verksamhetsområdena. Riksdagen beslutar sedan varje år om treårsplanen och regeringen konkretiserar i det så kallade regleringsbrevet mål – både vad det gäller verksamheten och ekonomin – samt villkor i övrigt för det kommande året.

Uppföljning ska ske i både ekonomi- och verksamhetstermer.

Som grund för den strategiska planeringen av verksamheten och infrastrukturinvesteringar ska ligga samhällsekonomiska analyser.