Långsiktig infrastrukturplanering och riksintressen har överförts till Trafikverket
Den 1 april 2010 överfördes två av Sjöfartsverkets verksamhetsfrågor till den nya myndigheten Trafikverket: långsiktig infrastrukturplanering och riksintressen. Två av Sjöfartsverkets medarbetare som har arbetat med dessa frågor gick i samband med det över till Trafikverket. Övrig verksamhet som rör sjöfart finns kvar vid Sjöfartsverket, som arbetar på som vanligt.
Sjöfartsverket ansvarar även i fortsättningen för byggande, drift och underhåll av sjöfartens infrastruktur. Trafikverket kommer att ansvara för den långsiktiga planeringen av transportsystemet för vägtrafik, järnvägstrafik, sjöfart och luftfart samt för byggande, drift och underhåll av statliga vägar och järnvägar.
Trafikverket omfattar verksamheten vid tidigare Banverket, Vägverket och vissa verksamheter vid SIKA. Även frågor som rör dels långsiktigt infrastrukturplanering, dels riksintressen vid Sjöfartsverket och Transportstyrelsen har överförts till Trafikverket. I samband med inrättandet av Trafikverket avvecklades Banverket, Vägverket och SIKA.