Sjöfartsverket har sin centrala styrning i Norrköping. Här arbetar 318 personer. Den regionala organisationen är koncentrerad till den svenska kusten och de stora insjöarna. Affärsverksamheten är indelad i sex olika affärsområden. Längs med kusten finns nio lotsområden: Luleå, Gävle, Stockholm, Södertälje, Kalmar, Malmö, Göteborg, Marstrand och Vänern/kanalen. I Göteborg finns sjö- och flygräddningscentralen.

Totalt arbetar 1168 personer i Sjöfartsverket. Av dessa är 244 kvinnor och 924 män.

Sjöfartsverket leds av generaldirektör Ann-Catrine Zetterdahl. I ledningsgruppen för Sjöfartsverket ingår avdelningscheferna för styrning och planering, affärer, marknad, samhälle, isbrytarledning, kommunikation, rederi, utveckling och kompetens samt sjö- och flygräddning.