Staben Styrning och Planering ansvarar för den övergripande styrningen av Sjöfartsverket och dess dotterbolag ur ett finansiellt och legalt perspektiv och är sammanhållande för den långsiktiga planeringen. I ansvaret ligger att svara för att ledningsprocessen tillämpas och att utveckla Sjöfartsverkets styrmodell. Staben ansvarar även för Sjöfartsverkets del för de gemensamma servicefunktionerna (GSF), som organisatoriskt är en del av LFV men vars uppgifter och inriktning styrs gemensamt av de båda affärsverken.
Inom staben finns tre enheter.
Juridik som biträder den övriga organisationen i rättsliga ärenden och ansvarar för den juridiska kvalitetsgranskningen samt genomför särskilda utredningar inom det juridiska området. Enheten företräder Sjöfartsverket i juridiska sammanhang och för Sjöfartsverkets talan vid domstol. Enheten ansvarar för skadeståndsärenden, yttranden till JO och JK, yttranden till Statens Haverikommission, beredning av personalansvarsnämndens ärenden, framställningar till Regeringskansliet med förslag till nya lagar och förordningar samt ändringsförfattningar. Enheten ansvarar för Sjöfartsverkets författningssamling. Gunilla Malmlöf är chefsjurist.
Controllerenheten som svarar för den externa och interna finansiella rapporteringen, budgetprocessen, verksamhetsuppföljning, lämnar anvisningar och faställer rutiner avseende ekonomisk uppföljning och den ekonomiska interna kontrollen samt genomför särskilda utredningar inom det ekonomiska och finansiella området. Mats Karlsson är chef för controllerenheten.
Infrastruktur som ansvarar för myndighetsuppgifter avseende allmänna hamnar och farleder. Enheten ansvarar även för att underlag tillhandahålls, inom Sjöfartsverkets verksamhetsområde, för tillämpningen av 3-5 kap. miljöbalken samt plan- och bygglagen. Enheten svarar vidare för Sjöfartsverkets deltagande i den långsiktiga infrastrukturplaneringen och de farledsprojekt som ingår i den nationella planen.