Avdelningen har fyra enheter; Transportpolitik, Infrastruktur, Räddning samt Sjömansservice.
Sjöfart och Samhälle är den avdelning inom verket som ska konkretisera sektorsrollen och de transport- och näringspolitiska mål som statsmakterna formulerar för Sjöfartsverket. Vidare ska avdelningen konkretisera behoven av och kvalitén på tjänster och produkter avseende farleder, isbrytning, sjögeografisk information, sjötrafikinformation, lotsning, sjö- och flygräddning och svara för beställningar (uppdrag) till Farleds- och Sjötrafikavdelningen för att uppfylla de mål som gäller för Sjöfartsverket.
Sjöfart och Samhälle svarar för omvärldskontakter och utredningar i transport- och näringspolitiska frågor såväl nationellt som internationellt, medverkar i att ta fram underlag i strategiskt viktiga frågor som rör verksamheten samt bereder verkets treårsplaner. Härutöver har avdelningen ansvaret för frågor som rör samhälls- och transportplanering, beredskapsplanläggning för sjötransporter, miljöpolicyarbetet, samordning av forsknings-, utvecklings- och demonstrationsverksamheten (FUD), koordinering och samordning av verkets internationella arbete, som inte faller inom annan avdelnings ansvarsområde samt verkets internationella projekt- och samarbetsverksamhet.
Sjöfart och Samhälle handlägger ärenden om taxor och avgifter samt utfärdande av intyg för avgiftsreducering i ärenden enligt Sjöfartsverkets föreskrifter om villkor för miljödifferentierad farledsavgift. Avdelningen ska initiera upphandlings- och anbudsförfaranden av strategisk natur, bevaka och initiera tekniska utvecklings- och forskningsfrågor.
Vid avdelningen finns Sjömansservice som planlägger, samordnar och genomför frågor om kultur- och fritidsverksamhet för sjöfolk i enlighet med ILO konvention nr 163.