Ekonomiavdelningen består av fyra enheter; redovisningsenheten, controllerenheten, inköp och IT.

Ekonomiavdelningen leder Sjöfartsverkets finansiella och ekonomiska planläggning på kort och lång sikt samt bereder anslagsfrågor. Avdelningen svarar för delårsrapporter och årsredovisningar, budgetprocessen, ekonomisk verksamhetsuppföljning samt särskilda ekonomiska uppföljningar på generaldirektörens uppdrag. I ansvaret ligger att vara sammanhållande i frågor som rör planeringen av den ekonomiska styrningen och uppföljningen av verkets hela verksamhet. Avdelningen ansvarar för samordningen av system- och rutinutveckling samt de resurser som krävs för att tillgodose verkets behov av systemförvaltning. 

Vidare svarar avdelningen för verkets löpande redovisning och löneadministration samt lämnar anvisningar i redovisningsfrågor.

Inom Ekonomiavdelningen finns Inköpsenheten som svarar för Sjöfartsverkets upphandlingar, kontorsservice, inköp och försäljningar. Vidare finns IT-enheten som ansvarar för och är samordnare av utvecklingen och driften av Sjöfartsverkets IT-system samt är ett serviceorgan för systemutveckling, systemförvaltning, drift och support.

Systemägaransvaret för IT-infrastrukturen och därtill hörande basutbud av gemensamma program och system samt ansvaret för strategi- och säkerhetsfrågor på IT-området ligger på Ekonomiavdelningen.